Область научных интересов: вычислительная молекулярная биология, геномика, теория молекулярной эволюции, семиотика. Основные результаты получены в области функционального анализа геномных последовательностей - распознавания генов, идентификации регуляторных сигналов, изучения структуры ДНК-белкового взаимодействия. Лауреат премии им. А.Баева (1999), международный исследователь Медицинского института Ховарда Хьюза (2001). Автор многочисленных научных статей, опубликованных в российских и зарубежных профильных изданиях, среди которых: "BioSystems", "Journal of Computational Biology", "Nucleic Acids Research", "Gene", "Biochemistry", "Bioinformatics", "Молекулярная биология" и т.д. Неоднократно принимал участие в различных международных конференциях и симпозиумах, в т.ч. в конференциях по биоинформатике и регуляции структуры генома "BGRS" (Институт цитологии и генетики Сибирского отделения РАН, 2000, 2002 г.г.), а также национальных встречах Биофизического Общества (YSER Research Travel Prize, США, 2001) и т.д.